本实验室采用学术委员会指导监督下的实验室主任负责制。学术委员会是实验室最高学术机构，其成员由国内知名专家和学者组成，主要职责是根据国内外生态安全领域的研究的发展动态，确定实验室研究方向，审定实验室开放课题申请指南及开放课题，评价实验室研究成果，决定有关实验室发展的重大问题。实验室制定有学术委员会工作条例。本实验室设主任一名。实验室主任在学术委员会指导下，协调各项工作。全权负责实验室的组织管理、建设计划实施、科学研究和学术交流活动、仪器设备的运行和维护、人员聘任、财务开支、保密安全及环境卫生等行政和业务管理工作。

具体组织架构如下图所示：

实验室由固定科研人员及流动科研人员组成。固定科研人员以学科、学术带头人为主。其他受聘人员，包括研究生，作为流动科研人员经实验室主任核准后进入，其相关费用由课题组负担。

实验室设立三个研究方向，组成三个研究团队，每个研究团队由方向带头人负责。方向带头人协助实验室主任完成该方向的建设，协调各项工作。实验室还可以根据项目研究需要设立或取消创新小组。实验室为创新小组的集体攻关提供便利条件。

实验室下设办公室，设办公室主任1名，辅助实验室主任做好实验室日常管理工作、大型仪器的对外开放工作、财务管理工作及其它相关工作。

实验室奉行“开放与联合”的方针，争取与国内外著名大学、研究机构和企业等联合共建实验室。共建实验室负责人要负责实验室的运行，协助实验室主任完成科研成果的转化及其它工作。

（此条编辑最近执行于2023.4.25）